Hola alguien me podía decir si hay algún problema en poner una batería secundaria de 120a,diferente  a la principal de 100a, gracias un saludo.

Hola.
No hay problema, solo debe utilizarse un sistema que las separe eléctricamente mientras el vehículo esté parado.

Por si quieres ampliar conocimientos respecto a su instalación, a qui tienes este hilo:

http://www.furgovw.org/index.php?topic=16027.0
Saludos.

Gracias Andino por la información y a eneko por la explicación un saludo.